O povoamento de Cabeceiras teve origem nos idos de 1942, com a construção de uma casa residencial por Antônio Ribeiro de Andrade, conhecido por “Antônio Baiano”, seguida por uma capela em louvor a Santa Rosa de Lima, na vertente do Córrego Taboquinha. Devido à fertilidade do solo e ao clima agradável, novas famílias se instalaram na região, com a criação de casas comerciais e pequenas indústrias, formando-se um povoado que recebeu a denominação de “Cabeceiras”, por localizar-se nas nascentes do córrego Taboquinha, pertencente à Bacia do São Francisco. Paralelamente ao comércio, a atividade com lavoura e criação de gado cresceu expressivamente, graças à fecundidade da terra e riqueza das pastagens naturais, vindo a tornar-se as principais fontes econômicas da localidade. Elevado a distrito pela Lei Municipal nº 44, de 29 de dezembro de 1952, pertencente ao município de Formosa. Foi elevado à categoria de município com a mesma denominação, pela Lei Estadual nº 2102 em 14 de novembro de 1958, desmembrando de Formosa.